Hi ha molts fàrmacs que poden afectar la fertilitat. És fonamental fer una història clínica acurada del pacient i preguntar-li sobre les medicacions que ha pres. D’entre els fàrmacs més lesius per la funció reproductora hi trobem la quimioteràpia. És molt important saber si el pacient ha rebut mai quimioteràpia, i per quant temps.

D’altres fàrmacs que poden afectar la fertilitat són: immunosupressors, antidepressius, antiepilèptics, antimetabòlits, neurolèptics, hormones, i alguns antibiòtics.